Search for non coding RNAs in bacterial genomes : study of Sinorhizobium meliloti

Recherche d’ARN non codant dans les génomes bactériens : étude chez Sinorhizobium meliloti

• Auteur / Autrice : Vincent Ulvé
• Direction : Frédérique Barloy-Hubler
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Biologie
• Date : Soutenance en 2007
• Etablissement(s) : Rennes 1

Mots clés

Mots clés contrôlés

Sinorhizobium meliloti

ARN non codants

Génome

ADN bactérien

Résumé

Les ARN non codant (ARNnc) jouent un rôle fondamental dans les génomes bactériens mais y sont encore faiblement caractérisés. L’objectif principal de ce travail était d’approfondir les connaissances sur les ARNnc de Sinorhizobium meliloti. D’abord, nous avons étudié le seul ARNnc annoté (l’ARNtm) afin de mieux connaître son rôle cellulaire. Ensuite, nous en avons cherché de nouveaux. Pour cela nous avons réalisé un crible in silico s’appuyant sur des outils de génomique comparative et une validation biologique. Ceci nous a permis d’en proposer plus de 60 conservés au sein du sous-groupe 2 des alpha-protéobactéries. Parmi ceux-ci, 15 ont été validés par Northern Blot et leur expression sur puce à ADN a été suivie lors de la croissance et lors de différents stress. La dernière partie des travaux concerne une étude globale de l’expression des ARNnc d’E.  coli afin de lier celles-ci à des conditions biologiques particulières, première étape nécessaire à la compréhension de leurs fonctions.

Non coding RNAs (ncRNAs) play a fundamental role in bacterial genomes but are still poorly characterized. The main objective of this thesis was to thoroughly analyse Sinorhizobium meliloti’s ncRNAs. We first studied the only one annotated (the tmRNA), so as to get a better grasp of its cellular role. We next searched for other ncRNAs. In order to carry out this search, we performed an in silico screen using comparative genomics tools, followed by biologic validation. This allowed us to identify more than 60 new candidates conserved among alpha-proteobacteria subgroup 2. Fifteen of them were validated by northern blotting and their expression was measured on microarrays during growth and under different stress conditions. The last part of the work focused on the global expression of ncRNAs in E. Coli, which allowed us to link the rates of expression with given conditions, as a necessary first step towards their functional characterisation.