Le rôle de RIM101p dans la réponse au pH chez Candida albicans

par Michael Weyler

Thèse de doctorat en Sciences biologiques. Biologie moléculaire

Sous la direction de Claude Gaillardin.

Soutenue en 2007

à Paris 11 , en partenariat avec Université de Paris-Sud. Faculté des sciences d'Orsay (Essonne) (autre partenaire) .


  • Résumé

    Rim101p est un facteur de transcription qui est activé par cleavage N-terminale à pH alcalin. Ce travail decrive l’identification et l’analyse des gènes de surface régulés par Rim101p chez Candida albicans. Une analyse du transcriptome suite à l’induction d’une forme tronquée et constitutivement active de Rim101p nous avait permis d’identifier et de classer 133 gènes qui semblent être des cibles de Rim101p. Les données des microarrays ont été confirmées pour 20 gènes par PCR quantitative, en utilisant des conditions plus physiologiques. Plusieurs adhésines de la famille des gènes ALS (Agglutinin-Like-Sequence) semblent être régulé par Rim101p. Malgré la grande ressemblance des gènes au niveau de leur séquence nous avons pu confirmer le rôle de Rim101p dans la régulation d’au moins deux gènes ALS (ALS1 et ALS4) dans une analyse de la famille entière en PCR quantitative avec des oligos gène-spécifiques. Pour analyser la régulation de ces gènes au niveau de leur promoteur, des fusions avec le gène rapporteur « LacZ » ont été intégré dans le génome de C. Albicans. Dans un autre projet, nous avons essayé de mettre en évidence par des approches d’immunoprécipitation de la chromatine (ChIP) que les promoteurs étient des cibles directes de Rim101p en utilisant une souche qui exprimait une version de Rim101p étiquetée avec l’épitope V5. Nous avons observé un plus grand nombre des promoteurs cibles dans les échantillons pris à pH alcalin que dans ceux pris à pH acides. Toutefois, la reproductibilité de ces résultats était faible et nous avons occasionnellement observé un enrichissement similaire pour des promoteurs non-régulés utilisés comme contrôles dans ces expériences.

  • Titre traduit

    The role of Rim 101p in the pH response of Candida albicans


  • Résumé

    Rim101p is a conserved fungal transcription factor that becomes activated through C-terminal cleavage at alkaline pH. This work describes the identification and analysis of Rim101p targets in Candida albicans. A constitutively active truncated version of Rim101p was introduced under the control of the MET3-promotor into a rim101 null mutant to monitor Rim101-dependent transcriptional changes. Transcriptional changes were recorded using microarrays along a time course following induction of RIM101SL transcription. The transcriptional patterns of the 133 regulated genes were clustered into five classes. Analysis of their promoters showed an enrichment of putative Rim101p binding and permitted to identify an extended Rim101p binding motif. Microarray results were confirmed on 20 selected genes by quantitative real-time PCR. Furthermore, the relevance of the microarray data for the pH response of C. Albicans was assessed by monitoring transcriptional changes of these genes in a wild type strain grown at pH 4 or pH 8. In spite of these experimental setup differences, a clear correlation of the results was observed for a large majority of the tested genes. Microarray data suggested that Rim101p activity had a strong impact on the expression of genes of the ALS (Agglutinin-Like Sequence) gene family. The extremely high sequence conservation within this family hampered however a gene-specific analysis. Using a gene-specific primer set, transcription of each member of the ALS gene family was analyzed by real-time qPCR. Finally, the mechanism of ALS1 and ALS4 regulation was addressed by two different approaches. First, LacZ reporter strains were constructed in order to monitor more easily pH and Rim101p effects on ALS1 and ALS4 expression. Second, a tagged version of Rim101p was used to demonstrate in vivo binding of Rim101p to ALS promoters by Chromatin Immunoprecipitation (ChIP): however, no clear specific binding could be observed.

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  • Détails : 1 vol. (139 f.)
  • Annexes : Bibliogr. p. 125-139

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  • Cote : 0g ORSAY(2007)67

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  • Cote : 2007PA112067
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