Immunity of the chicken and its resistance to pathogen : identification of new factors involved in the immune response

Etude de l'immunité du poulet et de sa résistance aux pathogènes : identification de nouveaux facteurs impliqués dans la réponse immunitaire

• Auteur / Autrice : Thomas Ruby
• Direction : Rima Zoorob
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Sciences biologiques. Biologie moléculaire
• Date : Soutenance en 2007
• Etablissement(s) : Paris 11
• Partenaire(s) de recherche : autre partenaire : Université de Paris-Sud. Faculté des sciences d'Orsay (Essonne)

Mots clés

Mots clés contrôlés

Immunogénétique

ARN

Poulets

Réponse immunitaire

Mots clés libres

Transcriptome

Résumé

Dans le cadre de l’étude des interactions entre un hôte et un pathogène, le poulet est un organisme modèle qui a largement contribué à la compréhension des mécanismes impliqués dans les réponses immunitaires de l’hôte. Les outils génomiques développés récemment permettent d’étudier ces réponses à l’échelle du génome entier. Les travaux présentés ici ont porté sur l’utilisation de ce type d’outils appliquée à l’étude de la réponse immunitaire du poulet afin d’en identifier de nouveaux facteurs ainsi que leur implication éventuelle dans le phénomène de résistance aux pathogènes. Nous avons complété la carte moléculaire du Complexe Majeur d’Histocompatibilité qui est lié à la résistance du poulet à certains pathogènes. Dans cette nouvelle région, nous avons pu caractériser différents membres de la famille TRIM-B30. 2, inconnus jusqu’alors. Puis, l’analyse du transcriptome de la bourse de Fabricius infectée par le virus IBDV a permis de mettre en évidence la précocité de la mise en place de la réponse inflammatoire chez des animaux résistants à ce virus par rapport à des animaux sensibles. De plus, cette analyse a permis de suggérer que l’apoptose était impliquée dans la résistance à IBDV. Enfin une analyse bioinformatique réalisée à partir de quatre banques d’ADNc a permis d’identifier des clones correspondant à des ARN non codant. L’étude des profils d’expression de ces derniers a suggéré que certains puissent jouer un rôle dans la réponse immune chez le poulet. Nous avons donc identifié de nouveaux facteurs potentiellement impliqués dans les défenses immunitaires du poulet. Ces éléments mettent en relief la complexité du système immun du poulet en même temps qu’ils permettent de mieux appréhender le phénomène de résistance à un pathogène.

The chicken is an important model organism for the study of the host immune responses. The recent available genomic tools allow high-throughput analyses of the processes involved in the immune mechanisms. This work is based on the genomic analysis of the chicken immune response and aimed at identifying news elements of this response as well as their possible role in the pathogen resistance of the chicken. We extended the molecular map of the Major Histocompatibility Complex involved in the chicken resistance to pathogens. In this new region, we have characterised a cluster of previously unknown TRIM-B30. 2 genes. Transcriptomic analysis of the IBDV-infected bursa of Fabricius led us to propose a model for resistance in which a more rapid inflammatory response and more-extensive p53-related induction of apoptosis in the target B-cells might limit viral replication and consequent pathology. Further, bioinformatics studies of immune-related cDNA libraries identified non coding RNAs. A fraction of these ncRNAs exhibited immune tissue-specific expression patterns and changes in expression following a viral infection, thereby suggesting that they could play an active role in the immune response. Thus, we have identified new factors potentially involved in the chicken immune defences. These new elements highlight the complexity of the chicken immune system, and give new clues into the understanding of the pathogen resistance mechanisms.