Vers une taxonomie moléculaire des coraux du genre Pocillopora

par Jean-François Flot

Thèse de doctorat en Systématique moléculaire

Sous la direction de Simon Tillier.

Soutenue en 2007

à Paris, Muséum national d'histoire naturelle , dans le cadre de École doctorale Sciences de la nature et de l'Homme - Évolution et écologie (Paris) , en partenariat avec Muséum national d'histoire naturelle. Département de systématique et évolution (Paris) (autre partenaire) .

Le président du jury était Pierre-Henri Gouyon.

Le jury était composé de Mehdi Adjeroud, Jean-Pierre Cuif.

Les rapporteurs étaient Marc-André Selosse, Ralph Tollrian.

mots clés

• Pocillopora
• Animaux -- Morphologie (biologie)
• Biologie moléculaire
• Sondes moléculaires
• Coraux -- Génétique

Résumé

Les espèces de coraux du genre Pocillopora sont notoirement difficiles à identifier. Pour tenter d'y remédier, les génomes mitochondriaux de deux individus ont été séquencés, révélant la présence de deux régions variables : un cadre ouvert de lecture de fonction inconnue et la région de contrôle putative. Par ailleurs, une méthode nouvelle pour le séquençage direct de mélanges d'haplotypes a été mise au point et appliquée à l'analyse de quatre marqueurs nucléaires (l’ITS2 et trois introns) : de manière inattendue, pour chacun de ces marqueurs plus de deux séquences ont été détectées chez certains individus. L’analyse d’échantillons récoltés en diverses localités de l’océan Pacifique (Okinawa, Philippines, Nouvelle Calédonie, Hawaii, Clipperton et Mexique) suggère un nombre d'espèces de Pocillopora inférieur à ce que la variation morphologique laissait supposer, et remet en question l'hypothèse d'un centre de biodiversité du genre localisé dans le Pacifique Est

Titre traduit

Towards a molecular taxonomy of corals of the genus Pocillopora

Résumé

Corals of the genus Pocillopora are notoriously difficult to identify down to species level. In the present study, the complete mitochondrial genomes of two individuals of contrasting morphologies were sequenced, revealing the presence of two variable regions: the putative D-loop and a novel ORF of unknown function. Moreover, a method was discovered allowing for direct sequencing of haplotype mixtures and applied to the development and analysis of four nuclear sequence markers (the ITS2 region and three introns): unexpectedly, for each of them more than two sequences were detected in some individuals. Analysis of these markers for a set of samples collected across the Pacific Ocean (Okinawa, Philippines, New Caledonia, Hawaii, Clipperton and Mexico) suggests that Pocillopora species are fewer than inferred from morphology and challenges the hypothesis of an eastern Pacific center of biodiversity for this genus