Post transcriptional regulation : adapted and integrated mechanisms

• Auteur / Autrice : William Ritchie
• Direction : Daniel Gautheret
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Bio-informatique
• Date : Soutenance en 2007
• Etablissement(s) : Aix-Marseille 2

Mots clés

Mots clés contrôlés

ARN non codants

Bioinformatique

Épissage (génétique)

Transcription génétique

Résumé

La régulation post-transcriptionelle explique en grande partie comment, à partir d’un nombre relativement limité de gènes, les organismes supérieurs ont acquis une grande complexité physiologique. Cette régulation est effectuée en jouant sur le niveau d’expression des transcrits et par la modification de leur séquence. Dans ce manuscrit je me suis intéressé à l’épissage et la polyadenylation alternatifs, deux mécanismes qui modifient la séquence des transcrits et aux microARNs, une classe d’ARN non codants qui peuvent inhiber le niveau d’expression des transcrits. Ces mécanismes ont été étudiés à l’aide d’outils bioinformatiques et statistiques appliqués aux nombreuses bases de données dédiées à l’expression des gènes et aux ARN non codants. A travers des prédictions in-silico, mes travaux montrent qu’une partie de ces mécanismes ont évolué de manière à travailler en synergie: il existe une concertation entre la polyadenylation et la régulation par les microARN. Je montre aussi que l’environnement transcriptionel microARN s’est adapté pour éviter la structure en tige-boucle du précurseur de microARN. Finalement, par l’étude des transcrits de tissus cancéreux, nous avons révélé que la cancérogenèse génère un grand niveau de désordre dans le mécanisme d’épissage entraînant une expression aplatie des différentes isoformes.