Ligand binding and molecular flexibility : Studies on DNA gyrase B

par Martina Gabriele Schechner-Resom

Thèse de doctorat en Sciences de la vie

Sous la direction de Annick Dejaegere.

Soutenue en 2005

à l'Université Louis Pasteur (Strasbourg) .

  • Titre traduit

    Etude de l'ADN gyrase B : liaison de ligands et flexibilité moléculaire


  • Résumé

    L’ADN gyrase est une enzyme vitale pour la bactérie grâce à sa capacité de manipuler les molécules d’ADN dans la cellule vivante. Cette capacité fait de l’ADN gyrase une cible idéale pour des composés anti-infectieux. Dans ce travail, l’ADN gyrase a été étudié par des méthodes de modélisatoin moléculaire. Une approche de conception de ligands basée sur la structure a été entreprise sur le sous-domaine N-terminal de 24 kDa de l’ADN gyrase B (domaine GHKL). La flexibilité de deux boucles du site actif du domaine GHKL a été étudiée par des simulations de dynamiques moléculaires en présence de différents ligands. Dans une dernière partie, une analyse des modes normaux du dimère du domaine N-terminal de 43 kDa a été entreprise.


  • Résumé

    DNA gyrase is a vital bacterial enzyme necessary for the handling of the large DNA molecules in the living cell. Therefore DNA gyrase is an ideal target enzyme for anti-infectious compounds. In this work DNA gyrase has been studied by molecular modelling methods. A computational structure-based ligand design approach has been carried out on the N-terminal 24 kDa subdomain of DNA gyrase B (GHKL domain). To further examine the flexibility of two active site loops, molecular dynamics simulations have been carried out on the GHKL domain in different ligand binding conditions. In a final part, normal mode analysis has been carried out on the dimer of the 43 kDa domain of DNA gyrase B.

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La version de soutenance existe sous forme papier

Informations

  • Détails : 1 vol. (X-262 p.)
  • Notes : Publication autorisée par le jury
  • Annexes : Bibliogr. p. 249-262

Où se trouve cette thèse\u00a0?

  • Bibliothèque : Université de Strasbourg. Service des bibliothèques. Bibliothèque L'Alinéa.
  • Disponible pour le PEB
  • Cote : Th.Strbg.Sc.2005;4881
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