Applications de la stratégie SELEX : caractérisation d'un complexe ARN/ARN et identification d'aptamères spécifiques d'une protéine de la matrice extracellulaire

Applications of the SELEX strategy : characterization of an RNA/RNA complex and identification of specific aptamers for an extracellular matrix protein

• Auteur / Autrice : Sonia Da Rocha Gomes
• Direction : Jean-Jacques Toulmé
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Sciences biologiques et médicales. Biologie-Santé
• Date : Soutenance en 2005
• Etablissement(s) : Bordeaux 2

Mots clés

Mots clés contrôlés

Protéines de la matrice extracellulaire

Métalloprotéinases

Protéines virales

Oligonucléotides

Synthèse (chimie) -- Inhibiteurs

ARN

Virus de l'hépatite C

Aptamères

Résumé

Deux stratégies SELEX ont été mises tout d'abord contre une cible nucléique puis contre une cible protéique. La première sélection in vitro avait pour objectif d'identifier des aptamères spécifiques et affins pour le domaine II de l'IRES du virus de l'Hépatite C. Ce domaine II joue un rôle crucial dans la traduction dépendante de l'IRES, constituant une cible d'intérêt dans une stratégie d'inhibition de la synthèse de la polyprotéine virale. Le complexe formé entre l'aptamère et la cible était de type ALIL. Nous avons caractérisé de nouveaux déterminants structuraux de cette interaction. La seconde sélection in vitro visait trois protéines de la matrice extracellulaire, appelées MMP-2, -7 et -9. Ces protéases sont impliquées dans plusieurs processus biologiques pathologiques. Un aptamère a été identifié contre la MMP-9 et utilisé comme sonde moléculaire. Ce travail montre l'intérêt de la technique SELEX pour identifier des ligands acides nucléiques contre différentes cibles.

Two SELEX strategies have been developed, on one hand against a nucleic acid target and on the other hand against a protein target. The first in vitro selection was directed against the domain II of the hepatitis C virus IRES, in order to select aptamers with high affinity and high specificity. The domain II plays a crucial role for the IRES-dependent translation and therefore represents a target of interest to prevent viral polyprotein synthesis. The selected aptamer formed with the target an ALIL complex. We characterized new structural determinants of this RNA/RNA interaction. The second in vitro selection was directed against three extracellular matrix proteins, named MMP-2, -7 and -9. These proteinases are involved in several pathological biological processes. An aptamer has been identified against the MMP-9 and used as a molecular probe on glioblastoma sections. This work demonstrates the interest of the SELEX strategy to identify nucleic acid ligands against different targets.