Contribution à l'étude de quelques espèces de Pythium isolées en Bourgogne : morphologie, caractérisation moléculaire, pathogénie et lutte biologique

par Delphine Bazireau-Galland

Thèse de doctorat en Biologie végétale et mycologie

Sous la direction de Bernard Paul.

Soutenue en 2000

à Dijon .


  • Résumé

    Les sols cultivés hébergent des micro-organismes dont le comportement peut aller du saprophytisme le plus anodin au parasitisme le plus redoutable. Parmi ces agents phytopathogènes, les champignons du genre pythium sont souvent mis en cause. Malgré une lutte chimique importante menée depuis des années contre ces parasites, ils continuent à faire des ravages. Or, des micro-organismes naturellement présents dans les sols possèdent des propriétés antagonistes des pythium. Pourtant cette capacité naturelle est très peu exploitée alors que le développement de techniques de lutte biologique permettrait de diminuer l'utilisation néfaste de produits chimiques. Neuf souches de pythium ont été isolées, en bourgogne principalement, au sein de cultures maraichères et forestières. Les différentes espèces ont été identifiées de manière fondamentale par l'étude en microscopie, photonique et électronique à balayage, des organes de reproduction sexuée et asexuée, en milieux liquide et solide. Parallèlement, la pathogénie de chaque souche a été décrite sur différentes espèces végétales. Un seul champignon, p. Oligandrum, sur les neufs isoles, n'est pas pathogène mais possede plutot un comportement de mycoparasite. Afin de compléter l'analyse morphologique précédente, un procédé d'extraction d'ADN génomique suivi d'une méthode de pcr-rflp ont été adaptes au genre pythium. Un profil de restriction spécifique à chacune des neufs espèces isolées a été déterminé après amplification et digestion enzymatique de la région its1 de l'opéron ribosomique. De plus, les données taxonomiques ont été confirmées grâce à la comparaison des neufs séquences nucléotidiques. Enfin, la lutte biologique envers les espèces pathogènes de pythium a été développé. Le mycoparasitisme de pythium oligandrum, isole en bourgogne et le pouvoir antagoniste d'une bactérie tellurique, serratia plymuthica ont été démontrés in vitro et in vivo. L'action antagoniste de cette bactérie ne semble pas être due à l'activité d'enzyme lytique mais plutôt à la présence de molécules antifongiques.


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  • Annexes : Bibliographie p.110-120. 146 références

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