Analyse statistique des sequences d'adn par l'intermediaire de la transformee en ondelettes

par Benjamin Audit

Thèse de doctorat en Sciences biologiques fondamentales et appliquées

Sous la direction de Alain Arnéodo.

Soutenue en 1999

à Paris 6 .

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  • Résumé

    Le debut des annees 90 marque les premiers travaux de la communaute des physiciens pour l'analyse de la complexite des sequences d'adn. Ces travaux permettent de mettre en evidence l'existence de correlations a longue portee (clp), c'est-a-dire sans echelle caracteristique, dans les sequences d'adn. Deux grandes categories de mecanismes biologiques sont a priori susceptibles d'etre a l'origine des clp : la dynamique des genomes et les contraintes liees a leur besoin de compaction. Dans ce memoire, nous utilisons la transformation en ondelettes (to) pour effectuer une analyse statistique des marches d'adn. La to permet de s'affranchir du probleme experimental que constitue la structure mosaique des genomes. De plus, il s'agit de la seule methode permettant d'appliquer le formalisme multifractal complet aux marches d'adn et ainsi d'apporter la preuve experimentale de l'homogeneite de leur rugosite. Nous analysons le processus dynamique d'evolution des genomes vertebres conduisant a l'apparition d'isochores lourds (riches en g + c) chez les vertebres a sang chaud. L'existence de clp dans les sequences codantes des isochores lourds permet de rejeter la dynamique des genomes comme etant le mecanisme a l'origine de cette structure. La disponibilite recente de genomes completement sequences nous permet d'etudier les clp sur des distances jusque la inaccessibles. Nous introduisons l'analyse de signaux refletant la structure du polymere d'adn. Nous proposons alors une interpretation structurelle aux clp dans les sequences d'adn. Sur des petites distances (<200pb), il semble qu'elles soient le reflet des structures nucleosomales, alors qu'une certaine universalite sur les grandes distances pourrait refleter des aspects essentiels d'un repliement hierarchique de la chromatine. Dans l'avenir, l'etude sera poursuivie avec d'autres parametres structuraux afin de preciser les mecanismes mis en jeu dans ces repliements.


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Informations

  • Détails : 286 p.
  • Annexes : 285 ref.

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  • Disponible pour le PEB
  • Bibliothèque : Centre Technique du Livre de l'Enseignement supérieur (Marne-la-Vallée, Seine-et-Marne).
  • Disponible pour le PEB
  • Cote : PMC RT P6 1999
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