Recherche de marqueurs genetiques microsatellites et analyse de la structure genetique des populations chez une algue rouge haplo-diploide, gracilaria gracilis

• Auteur / Autrice : Rémi Wattier
• Direction : Myriam Valero
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Sciences biologiques et fondamentales appliquées. Psychologie
• Date : Soutenance en 1998
• Etablissement(s) : Paris 6

Résumé

Cette these retrace les differentes etapes de la recherche et de la caracterisation de loci microsatellites chez gracilaria gracilis, une algue rouge haplo-diploide. Elle presente egalement les premiers resultats obtenus sur l'analyse de la structuration genetique des populations. La recherche de marqueurs se s'est averee tres difficile et la construction et l'analyse de deux banques genomiques n'ont permis que l'identification de deux loci polymorphes, gv1ct et gv2ct. Pour gv1ct, la determination de conditions de typages a elle-meme ete tres delicate. Cependant, les resultats obtenus nous permettent aujourd'hui de proposer un certain nombre d'ameliorations pour optimiser cette phase. Les premiers resultats sur le fonctionnement des populations mettent en evidence des differenciations genetiques entre populations et un isolement par la distance. Ils permettent egalement d'acceder aux flux geniques intra-population par une analyse de paternite. Ces resultats sont par ailleurs en contradiction avec nos hypotheses de depart sur le regime de reproduction, car ils montrent que cette espece est plutot de type allogame. Par ailleurs, ce travail a permis de mettre en avant un certain nombre de limites dans l'utilisation des marqueurs microsatellites. En effet, le locus gv1ct est caracterise par un niveau de polymorphisme associe a une gamme de variation de taille extraordinaire entrainant des difficultes d'amplification des grands alleles. Ces difficultes ont conduit a l'observation, dans certaines conditions defavorables de typages, d'alleles nuls chez les heterozygotes (dominance du petit allele). Enfin, le locus gv2ct nous a permis d'aborder l'evolution moleculaire des microsatellites. En effet, le sequencage des alleles au locus gv2ct revele l'existence : (i) d'une homoplasie de taille et (ii) de pas de mutation pouvant etre complexes ne faisant pas intervenir de simples variations du nombre de repetitions de l'unite principale du microsatellite.