Contribution a la caracterisation et au depistage du virus de la marbrure de la vigne (gfkv)

Contribution to characterisation and diagnosis of grapevine fleck virus (gfkv)

• Auteur / Autrice : OLIVIER SCHIEBER
• Direction : Bernard Walter
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Sciences biologiques et fondamentales appliquées
• Date : Soutenance en 1997
• Etablissement(s) : Université Louis Pasteur (Strasbourg) (1971-2008)

Résumé

Le grapevine fleck virus (gfkv) est un virus isometrique a arn simple brin infectant la vigne. Il est associe a la maladie de la marbrure, qui affecte la reussite au greffage et la rhizogenese de certaines varietes de vigne. Dans le schema de certification francais, ce virus doit etre absent des lots de porte-greffe de vignes commercialisees ; il est, a ce titre, necessaire de disposer d'outils de diagnostic sensibles et fiables. D'autre part, la classification taxonomique de ce virus n'a pu etre achevee sur la base des connaissances sur sa biologie et ses proprietes physicochimiques. Pour cela il est necessaire de sequencer l'arn viral, d'etudier l'organisation genetique et la strategie d'expression du virus. Nous avons produit des anticorps monoclonaux (mabs) diriges contre le gfkv. Ces mabs ont ete utilises en combinaison avec les anticorps polyclonaux pour mettre au point un test de depistage du gfkv par elisa. A l'aide de ces mabs, nous avons aussi montre que le gfkv etait un virus tres homogene d'un point de vue serologique. Nous avons enfin developpe une methode de purification du virus par immunoaffinite avec l'un des mabs. Nous avons, par ailleurs, mis au point la detection du gfkv par deux techniques basees sur l'amplification de sequences du genome viral : la rtpcr et l'icrtpcr. Une comparaison de ces techniques avec la detection par elisa a fait ressortir tout l'interet de l'icrtpcr pour la detection du virus du fait de sa grande sensibilite. La production d'adn complementaire a partir d'arn viral extrait des particules de gfkv n'a pas ete possible. Etant donnees les difficultes rencontrees au laboratoire pour purifier l'arn viral en quantites suffisantes, c'est par icrtpcr avec des amorces nucleotidiques degenerees que nous avons obtenu deux fragments de 196 et 346 nucleotides specifiques du gfkv. Ces deux sequences presentent de fortes homologies avec des sequences de polymerases virales des tymovirus et d'un marafivirus ce qui constitue une indication interessante en vue de la classification taxonomique du gfkv.