Automatisation de protocoles expérimentaux : application au séquencage d'ADN

par Magdala De Araujo Novaes

Thèse de doctorat en Ingénia

Sous la direction de Jacques Haiech.

Soutenue en 1993

à Aix-Marseille 2 , en partenariat avec Université d'Aix-Marseille II. Faculté des sciences (autre partenaire) .

mots clés

• Séquençage des acides nucléiques

Résumé

Le travail presente dans cette these contribue a l'automatisation d'experience biochimiques et a pour objet l'elaboration d'un systeme informatique pour la generation et l'execution de protocoles experimentaux avec une application particuliere au sequencage d'adn. Il s'inscrit dans le cadre de trois domaines de recherche: la robotique, l'informatique et la biochimie. A l'origine de nos demarches se trouve la difficulte de communication entre un experimentateur (biochimiste ou biologiste dans notre cas) et des systemes informatiques. Chaque domaine a son langage specifique: l'utilisation et le pilotage de robots requierent une bonne connaissance des langages de programmation; le monde biochimique, quant a lui, utilise la notion de protocoles experimentaux, qui correspond a la liste des differentes etapes d'une experience. Ainsi, un langage general de description de protocoles a ete implante au sein d'un systeme interactif permettant le pilotage d'un robot manipulateur d'echantillons liquides. Ce systeme satisfait a la fois les exigences de fiabilite et de reproductibilite des experiences et la necessite d'un environnement convivial et evolutif. Il est fonde sur une architecture du type multi-agents oriente-objet, privilegiant un style d'interaction et de presentation base sur les interfaces a manipulation directe

Titre traduit

Automatisation of experimental protocols: application to DNA sequencing

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